この宇宙の仕組みは、すべて三身一体の構造を成しています。まず大宇宙の構造ですが、本源・本質は絶対世界です。この世界は時間も空間も形も無い、一なる純粋意識の世界です。対して表現世界（相対界）は、時間も空間も形も有る物質の世界です。その中間に反物質の世界があり、この三つの世界が一体となって大宇宙は構成されているのです。この構造は原子の世界においても同じで、一個の原子は、原子と反原子と絶対原子の三身一体の構造を成しているのです。絶対原子は純粋意識ですから、その存在を知ることはできませんが、陰に隠れながら反原子と原子を操っているのです。
私達のボディーも同様に、三身一体の構造を成しています。いわゆる肉体は、原子と反原子と絶対原子が結びつき、そこに肉体の支配者である生命核（魂）が宿ったものです。なぜ三身一体の構造を成しているかといいますと、これは物の創造の原理であり仕組だからです。
たとえば家を建てる場合、まず建築主の要望（理念）があります。次に、その要望（理念）をもとに青写真（設計図）が描かれます。家はその青写真をもとに建てられるわけですが、その理念に当たるものが絶対原子であり、青写真に当たるものが反原子であり、建てられた家が原子に当たるわけです。このように物の創造の背後には、必ず「理念の主」と「青写真」と「創造物」の三者が存在するのです。ただしこの三者は一者です。なぜなら、この宇宙には絶対原子（理念の主・建築主）しか存在しないからです。
絶対原子は、単独で表現宇宙に存在することができません。存在するためには、反原子と結びつき二態になるか、反原子と原子と結びつき三態になるしかないのです。だから表現宇宙は、三身(位)一体の構造を成しているわけです。
ここで誤解してもらいたくないのは、原子や反原子の数ほど絶対原子があるわけではないということです。絶対原子（建築主・理念の主）は、宇宙に一つしか存在しないのです。たった一つの絶対原子が、すべての原子や反原子の中に同居し、自分を表現しているのです。この辺が非常に理解のしづらいところですが、今はただ信じてもらうしかないでしょう。
さて、原子も反原子も時空においてのみ存在できる表現媒体であって、実際に存在しているものではありません。それゆえに、自分が絶対原子から生まれた媒体だと悟ると、絶対原子に呑み込まれ消えて行くしかなくなるのです。一方、呑み込んだ絶対原子も、その時点で時空の世界にいられなくなり、絶対世界へ帰って行くことになります。（厳密には、殆どの絶対原子は、表現宇宙の進化を促す使命を持っているため、反原子と対になり最後まで表現宇宙に留まって役目を果たしている。そして役目が終わると反原子を呑み込み本源に帰って行く。）
このように原子も反原子もその本性は、絶対原子そのものなのです。言い換えれば、理念も、青写真も、建築物も、みな建築主（創造主）そのものであるということです。つまり、三者は一者であるということです。宇宙が一つのもので創られているといわれるのも、創造主である絶対原子がすべての創造物の素材となっているからです。
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